孟繁甦教授的学术思想根植于中医经典，又在长期临床实践中不断丰富和发展，形成了以“调枢机、平阴阳、通气血”为核心的辨证论治体系。
一、重视肝脏，强调气机疏泄为要：
孟繁甦教授认为，现代社会生活节奏快、压力大，情志因素是众多疾病的重要诱因。孟繁甦教授在医案集的体会中引用《黄帝内经》、《临证指南医案》等典籍，反复强调“肝为风木之脏”、“司疏泄者，肝也”、“七情之病，必由肝起”。因此，调理肝脏、疏畅气机成为孟繁甦教授治疗许多内科杂病的中心环节，尤其是在治疗睡眠障碍、妇科疾病及情志相关疾病时，常以疏肝理气为先导，选用小柴胡汤、逍遥散等方剂，为后续治疗打开通路。
二、经方为本，方证相应与体质辨识并重：
孟繁甦教授坚守经方“方证相应”的核心原则，即有是证、用是方。在临床上，孟繁甦教授能精准捕捉患者的核心病机，选用与之对应的经方。同时，孟繁甦教授并不局限于症状，而是将方证与患者的体质状态相结合，进行灵活加减化裁。例如，同样是失眠，肝郁化火者用丹栀逍遥散，肝肾阴虚者用天麻钩藤饮或知柏地黄丸，痰热内扰者用温胆汤，这种因人制宜的思路，大大提高了临床疗效。
三、整体观念，多脏腑气血同调：
孟繁甦教授的治疗方案充分体现了中医的整体观念。孟繁甦教授不孤立地看待某个症状或脏器，而是着眼于人体的统一整体。例如，治疗失眠，孟繁甦教授会考虑到脾胃功能，顾护肾阴，安定心神；治疗妇科病，常肝、脾、肾三脏同治。这种多靶点、系统性的调节方法，能够从根本上恢复机体的阴阳平衡。
四、虚实兼顾，注重扶正与祛邪的结合：
在治疗中，孟繁甦教授既重视祛除病邪，如疏肝、清热、化痰、逐瘀，也十分注重保护和补益正气。在许多方剂中，都可以看到党参、白术、黄芪、熟地等扶正药物的运用。孟繁甦教授认为，尤其对于老年患者和久病患者，正气亏虚是发病的内在基础，祛邪的同时必须固护根本，才能防止病情反复，促进机体康复。
